1. EPC合同固定價増加工程成本風險
EPC總承包合同在進行分開簽訂或者進行價格明細分類時，易造成合同條款增加，從而加大合同項目漏洞的風險。同時，進行各個項目價格的分類與明確，由于EPC合同多為固定價，若稅率高的項目在實際中承擔的成本較多，則易出現增加工程原定成本的風險，則會對該項業務的納稅籌劃效果產生影響。因此， 進行EPC合同籌劃時，應提前做好與對方溝通工作與成本預算工作。
2.甲供工程未取得相應進項稅
甲供工程納稅籌劃的關鍵點在于采用一般計稅方式可以通過獲得相應的進項稅，從而進行增值稅的抵減。在企業的實際業務中，若企業未取得相應數額的進項稅，則企業采用一般計稅方法，則難以減少較多的增值稅額，從而不利于甲供工程納稅籌劃的實施效果。因此，企業在進行甲供工程的納稅籌劃時，應確保可以獲得相應的進項稅。
3.供應商供貨品質與結算時點不同
對于供應商身份選擇的納稅籌劃，考慮了納稅人提供的增值稅票據類型以及供應商提供的價格。但在企業實際操作時，若是承包方對材料質量等級有特殊要求，則企業選擇的供應商則有限，進行納稅籌劃的效果將受到影響。同時，不同的企業對付款方式會有不同的要求，企業與供應商可能會具有雙向談判的情況，因此，企業對供應商的選擇數量也會減少，納稅籌劃的效果也會受到影響。因此，企業在進行供應商身份選擇的納稅籌劃時，供貨品質與付款時間需提前談判好，從而保證工程進度的有序進行。
4.融資租賃方式所需擔保與較多付現成本
對于企業機械設備的取得方式，在進行銀行貸款與融資租賃的兩種取得方式的稅務籌劃時，以為企業帶來現金凈流量及進項稅額為基點，從而進行兩種方式的取舍。在企業的實際業務中，由于銀行貸款的付款方式及借款金額可以進行談判，若融資租賃設備金額較大，實際業務中，一般會進行擔保業務，從而為企業帶來業務的增加量。同時，銀行的貸款相比較融資租賃，門檻一般較高，需要對企業進行資質審核及信譽評級，但資金可以從多個銀行借入，從而分散了資金的壓力，降低貸款利率，但融資租賃方式，只能從一家租入，每期所付金額相比較銀行貸款利息來說較大。因此，企業應結合自身銀行信譽、資質情況，以及合理評估未來現金流狀況，從而選擇最優獲取機械設備方式。
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